Pokrajina med Muro in Rabo ima precej drugačno zgodovino od ostalih slovenskih pokrajin, cerkvena ni nobena izjema. Tako so prebivalci Panonije sicer ob koncu 8.stoletja prišli pod nadoblast Frankov in so zato tudi cerkveno-pravno spadali pod salzburškega nadškofa, vendar pa sta bila sv. brata Ciril in Metod tista, ki sta v pokrajini zapustila neizbrisan pečat. Uvedla sta namreč slovansko bogoslužje, začela sta z vzgojo domačih duhovnikov, vse to se je precej razlikovalo od ''germanskega'' načina pokristjanjevanja, ki so ga bili deležni Slovenci v drugih delih današnjega etničnega ozemlja.
Seveda se salzburška nadškofija ni mogla sprijazniti z izgubo dela svojega ozemlja (papež Hadrijan II. je namreč leta 869 ustanovil nadškofijo, Metoda pa posvetil za panonsko-sirmijskega nadškofa in metropolita), zato si je s pomočjo Frankov ozemlje nadškofije pridobila nazaj. Tako je moral Metod z ostalimi slovanskimi duhovniki zapustiti Spodnjo Panonijo. Po Metodovi smrti, 885 leta, je papež Štefan V. pod pritiski prepovedal slovansko bogoslužje.
Konec 9. stoletja so na območje Spodnje Panonije začeli vdirati Ogri in se v drugi polovici 10. stoletja nekako ustalili na območju Panonske nižine. V tem času je madžarski knez Valjk prejel krst in si nadel ime Štefan. Na prelomu tisočletja je bil maziljen in kronan za madžarskega kralja. V tem času Prekmurje še ni spadalo pod njegovo oblast, se je pa to spremenilo pod kraljem Ladislavom. Ta je leta 1091 osvojil Slavonijo, obenem pa svoje ozemlje razširil na današnje Prekmurje in ga razdelil na dve županiji; gornji del je pripadel Železni, dolnji del pa Zalski županiji. Tri leta zatem je Ladislav ustanovil škofijo v Zagrebu in obe županiji sta pripadli pod njeno cerkveno upravo.
Duhovniki v novi škofiji so bili pretežno Slovani. Proti koncu 12.stoletja, je škofiji Györ uspelo, da je Železna županija, s tem pa tudi gornji del Prekmurja, v cerkveno upravo pripadel njej. Dolnji del je še vedno bil pod zagrebško škofijo (spadal je pod arhidiakonat v Beksinu), čeprav si je tudi vespremski škof prizadeval, da bi dobil ozemlje Zalske županije. Zaradi jezikovne razlike prebivalstva, je györska škofija ustanovila poseben arhidiakonat v Murski Soboti v katerega so duhovnike pošiljali predvsem iz zagrebške škofije.
S pojavom protestantizma v 16. stol. so je za Prekmurje začelo novo obdobje. Protestanizem je namreč v Prekmurju žel mnogo več uspeha kot v ostalih delih Slovenije. Eden izmed vzrokov je tudi ta, da so bili Prekmurci odvisnejši od zemljiškega gospoda in tako je ta, v skadu z načelom, da plemič določi vero svojega ljudstva, svojim podložnikom izbral vero.
Protestantski duh se je v Prekmurje širil iz Železne županije, tako da se je najprej razširil na Nadasdijevih in Sechijevih posestvih v gornjem Prekmurju in je zajel dotedanje katoliške župnije. Širili sta se dve veji protestantizma in sicer luteranstvo, ki je prevladovalo in kalvinstvo. V dolnjem delu Prekmurja pa se protestantizem ni širil, saj so lendavski gospodje Banffyji bili katoličani, z izjemo ko so njihova posestva prišla pod Nadasdije. Vendar pa le do prihoda rodbine Esterhazy, ki so ponovno vpeljali katoliško vero.
Tudi Prekmurci so s protestantizmom dobili prvo knjigo, Štefan Küzmič je v prekmurskem jeziku napisal več del, njegovo najbolj znano in pomembno pa je ''Nouvi Zakon'' oziroma prevod Nove zaveze Svetega pisma v prekmurščino. S svojimi deli je postavil standarde za nadaljna knjižna dela (tako protestantska kot katoliška) v prekmurščini.
16. in 17. stoletje so močno zaznamovali turški vpadi. Še posebej po letu 1600 in padcu Kaniže se pričenjajo težki časi, saj prekmurski kraji postopoma, do srede stoletje pa že celotna Zalska županija in s tem celotno področje spodnjega Prekmurja, preidejo pod turško oblast. Medtem, ko so do tedaj prebivalci stradali zaradi posamičnih napadov in pustošenj, pa je v 17.stoletju sledil še davek. V času dveh stoletij, turška nadoblast se v dolnjem Prekmurju konča na prehodu iz 17. v 18. stoletje, je bilo veliko ljudi odpeljanih v sužnost, kar nekaj vasi je bilo porušenih in požganih do tal, nekatere se niso več obnovile.
Šele v 18. stoletju so se razmere normalizirale, kar se odraža na povečanju števila prebivalstva. To je imelo tudi za posledico, da se je turniška pražupnija razdelila na dve župniji. Na novo se je ustanovil beltinska župnija, saj je turniška enostavno postala preobsežna za upravljanje.
Velika cerkveno-upravna sprememba se je v Prekmurju zgodila 17. februarja 1777 z ustanovitvijo škofije v Szombathelyu. Z dovoljenjem Svetega sedeža jo je ustanovila Marija Te-rezija. V novi sombotelski škofiji so bili združeni vsi prekmurski Slovenci. Tej škofiji je pripadla iz györske škofije celotna Železna županija in s tem gornje Prekmurje, iz zagrebške pa ves distrikt Transmuranus s šestnajstimi župnijami. Med temi so bile župnije Lendava, Turnišče, Beltinci, Bogojina in Dobrovnik.
V 19. stoletju nacionalno vprašanje začne igrati vedno pomebnejšo vlogo v družbi. Ogrski del Habsburške monarhije seveda ni bil nobena izjema. Naraščanju madžarizacije Prekmurja so se zopersatvili predvsem katoliški duhovniki in to s pisano besedo. Zato je prav, da na tem mestu poudarimo pomen katoliškega tiska za zgodovino pokrajine. Le-ta ni pomemben le iz verskega vidika, temveč mu moramo priznati širši pomen.
Stiki prekmurskih Slovencev z ostalimi so se namreč začeli krepiti šele s pomočjo pisane besede, pri tem pa so imele glavno vlogo Mohorjeve knjige. Te so se v pokrajini začele širiti v drugi polovici 19. stoletja, za kar sta bila najbolj zaslužna takratni župnik v Beltincih, Marko Žižek, ter župnik na Cankovi, Jožef Borovnjak. V začetku so bili naročniki le iz teh župnij, v nekaj letih pa so se začele širiti še na druge župnije. Med poverjeniki in naročniki je v 70-tih in 80-tih letih 19. stoletja bilo 21 duhovnikov in 15 učiteljev, število naročnikov pa se je povzpelo čez 200.
Seveda madžarskim oblastem, tako svetnim kot cerkve-nim, to ni ostalo skrito in so se začeli načrtno zoperstavljati širjenju Mohorjevih knjig. Temu pa se je nabolj uprl tišinski župnik ter soboški dekan, dr. Franc Ivanocy, ki je okrog sebe zbral mlade zavedne duhovnike v t.i. Ivanocyjev krog, ki so načrtno širili Mohorjeve ter ostale slovenske knjige med domačini. Zato ne preseneča, da je v letih na prelomu 19. v 20. stoletje bilo naročnikov Mohorjevih knjig največ, tudi čez 300.
V tem času, ko se je število naročnikov najbolj povečalo, se je istočasno najbolj okrepil val napadov na Ivanocyija in njegove sodelavce. To seveda ne preseneča, saj si je oblast na vse pretege prizadevala pomadžariti Slovence (ukinitev slovenščine v šolah, pri verouku, ustanovitev madžarskega izobraževalnega društva, ki je zdajalo svoj časopis...) in Mohorjeve knjige so bile v veliko napoto, ker so se bali, da se bodo Prekmurci začeli zavedati svojih korenin ter se še tesneje navezovati na Štajerske Slovence. Uradna politika je namreč zagovarjala tezo, da so Prekmurci Vendi in kot taki nimajo dosti skupnega s Slovenci.
Razultat prizadevanj obeh oblasti se kaže v izidu Kalendarja Srca Jezušovega 1903 in mesečnika Marijin list leto pozneje, saj so z izidom periodike v domačem narečju upali, da bo zanimanje za Mohorjeve knjige zamrlo, obenem pa so upali, da bodo imeli vpliv na pisanje v novih listih. V resnici se je odvijalo ravno nasprotno. Res je število naročnikov Mohorjevih knjig upadlo (leta 1910 je bilo 214 naročnikov, leta 1915 le 163, leta 1919 pa je naraslo na 258), domača periodika pa je bila že od vsega začetka dobro sprejeta.
Izdajanje domače periodike v prekmurskem narečju (leta 1913 začne izhajati tednik Novine) pomeni podlago za vso katoliško prekmursko publicistiko 20. stoletja (z vsem njenim vzgojnim, poučnim, zabavnim pomenom), skupaj z Mohorjevimi knjigami pa je imela še izreden narodnoobrambni pomen.
Po priključitvi k tedanji SHS Prekmurje pravno formalno še ni bilo priključeno k mariborski škofiji, saj so že takrat neka-teri razmišljali o škofiji Murska Sobota, ampak je mariborski škof postal apostolski administrator Prekmurja. V času druge svetovne vojne je pokrajina štiri leta spet spadala v sombotelsko škofijo, njen škof pa je postal apostolski administrator Prekmurja. Po koncu druge svetovne vojne Prekmurje spet postane del mariborske škofije, najprej kot apostolska admi-nistratura, 9. junija 1964 pa postane pravnomočni del mariborske škofije.
Zadnji zgodovinski mejnik katoliške ter tudi ostale prekmurske zgodovine predstavlja datum 7. 4. 2006, ko je bila ustanovljena škofija Murska Sobota. Prvi Murskosoboški škof ordinarij je postal dr. Marjan Turnšek, katerega pa je nasledil prekmurski rojak, doma iz Beltinec, dr. Peter Štumpf. Papež Benedikt XVI. je sedanjega škofa ordinarija imenoval 28.11.2009, umeščen je bil 10.1.2010.
